Vor 13 Jahren wurden die SEED vollständig eliminiert, und auch Kumhan ist Besiegt. Die forschungen bezüglich der Subraumreisen wurden von Natsume Shu eingestellt, da sie für zu gefährlich erklärt wurden. In der Heilungstechnik gb es eine Technische Revolution, sodass einige wiederbelebt werden konnten, welche bei den SEED angriffen ums leben kamen. Nun beginnt der Wiederaufbau von Rykros, dem ehemaligen Hauptquartier der Illuminus. es soll wieder eine Festung gegen die SEED werden, falls jemals noch ein Angriff erfolgen soll. Allerdings haben es ein paar geschafft, heimlich unterzutauchen. Nun planen sie einen erneuten Angriff.